根據《中共海南省委辦公廳海南省辦公廳關于印發〈三亞市機構改革方案〉的通知》(瓊辦發[2009]40號)，設置三亞市海洋與漁業局，為三亞市主管全市海洋與漁業工作的市政府組成部門。
一、職責調整
(一)取消的職責:
已由省政府和市政府公布取消的行政審批事項。
(二)增加的職責:
1、負責30總噸以下駕駛類、45千瓦以下的輪機類沿海近岸職務船員證書的簽發;
2、負責漁業普通船員海上救生、船舶消防救生筏操縱、海上急救等項目考核發證;
3、負責小型漁船監督管理;
4、負責漁業船舶普通船員證審批;
5、負責27公頃以下的圍填海項目的審批。
(三)加強的職責:
加強海洋經濟和我居民海島管理的職責。
二、主要職能
(一) 貫徹執行國家和省有關海洋與漁業工作的方針政策、法律法規;依法擬定本市海洋與漁業工作的辦法、措施和規范性文件，以及發展規劃、計劃。
(二)負責全市海洋經濟運行監測、評估及信息發布、實施海洋綜合管理、協調各部門各行業的海洋開發活動;會同有關部門提出優化海洋經濟結構、調整海洋產業布局的建議。
(三) 負責全市海洋海島資源管理。組織擬定本市海洋功能區劃、海域使用規劃、海島保護與利用規劃、海洋資源開發利用規劃和海洋產業發展規劃;擬定本市海岸、海洋開發和重要海區綜合利用和漁業發展的規劃。
(四) 參與本市海域勘界工作;監督管理全市海域(海岸帶、無居民海島)的使用，按規定頒發海域使用許可證、實施海域有償使用制度;審核無居民海島保護與利用申請;查核海洋、海岸開發建設項目，以及管理海底電纜、管道的鋪設;參與涉海開發項目的規劃審查和項目研討。
(五) 負責全市海洋漁業資源的管理。指導漁業發展的產業結構調整;組織實施海洋捕撈強度控制方案、伏季休漁制度和指導漁業資源監測工作;負責水產養殖種苗的管理和水生野生動植物的保護;海洋灘涂和內陸水域漁業開發利用工作。
(六) 負責全市海洋環境與漁業水域生態環境保護工作。擬定全市海洋與漁業環境保護與整治規劃，組織實施污染物排海標準和總量控制制度。依法負責全市防治海洋工程建設項目和海洋傾倒廢棄物對海洋污染損害的環境保護工作，協助有關部門做好防治陸源污染物和海岸建設項目對海洋污染損害的環境保護工作。管理海洋與漁業水域環境的調查、監測、監視和評價及漁業水域生態的環境保護工作;負責組織編報、調整海洋自然保護區和特別保護區;核準海洋工程項目和海岸工程的環境影響報告書。
(七)管理防止海洋災害監測、預報網絡等公益服務系統。發布本市海洋環境預報、海洋災害警報和海洋環境通報。配合有關部門做好漁業海上搜救工作。
(八)根據國家規定對本市行使海洋、小型漁業船舶檢驗和漁政、漁港監督管理職能。
(九)負責海洋與漁業基礎數據和信息管理工作。
(十)組織指導本系統工作人員的教育培訓、隊伍建設和有關海洋與漁業的科學研究、技術推廣。
(十一)承辦市政府和上級部門交辦的工作。